Amnestie není aktem totožným s milostí. Nevznikla jako akt milosrdenství. Historicky vzešla z bojů o trůn a byla politickým nástrojem vítězného panovníka, který propuštěním uvězněných soupeřů či oponentů dával najevo velkomyslnost a touhu po pořádku a míru, vůli ke stabilizaci státu. Také po bitvě u Lipan, ze stejného důvodu, vyhlásila vítězná královská strana rozsáhlou amnestii pro zajaté husitské utrakvisty. Amnestie je tedy nástrojem, který má v prvé řadě sloužit ke stabilizaci poměrů v zemi.
Také amnestii, kterou v roce 1990 vyhlásil prezident Václav Havel, lze přiznat naplnění tohoto původního a hlavního účelu. Jakkoliv šlo o problematický akt, dokázala tato amnestie předejít složitému přezkoumávání tisíců caus politických deliktů vydávaných komunistickým režimem za kriminální delikty. Byla vyhlášena vítězi revoluce a jejím poselstvím byla velkomyslnost státu i touha po novém začátku.